Hoàng thái tôn Naruhito sinh lúc 4 giờ 15 phút chiều ngày 23 tháng 2 năm 1960 tại Bệnh viện Cung nội sảnh trong Hoàng cư ở Tokyo, người con thứ 4 và là con trai cả của Hoàng thái tử Akihito và Thái tử phi Michiko, trước khi đăng quang Naruhito mang tước vị Thân vương với cung hiệu là Hiro-no-miya (浩宮 (ひろのみや) (Hạo Cung), Hiro-no-miya?). Năm 1989, Hoàng thái tử Akihito nối ngôi sau khi Thiên hoàng Chiêu Hoà băng hà và ông được phong Hoàng thái tử ngày 23 tháng 2 năm 1991.[1]

Ông tốt nghiệp cử nhân và thạc sĩ lịch sử ở Đại học Gakushuin lần lượt vào các năm 1982 và 1988. Giai đoạn 1983 - 1985, ông du học ở Vương quốc Anh tại Merton College, Oxford.

Thái tử Naruhito có thể chơi viola và hay đi bộ, leo núi trong thời gian rảnh. Ông đã viết nhiều bài báo và một hồi ký trong thời gian ở Oxford, The Thames And I: A Memoir Of Two Years At Oxford (ISBN 1-905246-06-4).